La relación bilateral en cooperación, se enmarca en el Convenio Básico de Cooperación Técnica y Científica entre el Gobierno de la República de Colombia y el Gobierno de la República de Chile, suscrito en Bogotá, el 16 de junio de 1991.  Su objetivo central es profundizar la cooperación bilateral a través de la promoción y fomento de las ventajas recíprocas que resultan de la cooperación en temas de interés mutuo y en procura de ejecutar programas de cooperación que tengan efectiva incidencia en el progreso de ambos países. Bajo este convenio se establece la reunión de Comisión Mixta de Cooperación en el que se aprueba un programa de cooperación bilateral cada dos años. En el marco de dicho programa, las partes acuerdan proyectos de cooperación en diversas áreas.